住房租赁企业主要涉及增值税、房产税两个税种。增值税方面，住房租赁企业类型不同，具体税务处理存在差异。
住房租赁企业中的增值税一般纳税人，除可以适用一般计税方法缴纳增值税外，向个人出租住房取得的全部出租收入，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率减按1.5%计算缴纳增值税；住房租赁企业中的增值税小规模纳税人向个人出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算缴纳增值税。此外，住房租赁企业向个人出租住房适用上述简易计税方法并进行预缴的，减按1.5%预征率预缴增值税。房产税方面，对企事业单位、社会团体以及其他组织向个人出租住房的，减按4%的税率征收房产税。据此，住房租赁企业向个人出租住房，可减按4%的税率征收房产税。与此同时，财政部税务总局住房城乡建设部公告年第24号公告明确，对企事业单位、社会团体以及其他组织向专业化、规模化住房租赁企业出租住房的，也减按4%的税率征收房产税。虽然此项规定不直接针对住房租赁企业，但是住房租赁企业如果符合当地规定的专业化、规模化住房租赁企业标准，向该企业出租住房的纳税人，也可以申请享受此项优惠。专业化、规模化住房租赁企业的标准，是在开业报告或者备案城市内持有或者经营租赁住房套（间）及以上或者建筑面积3万平方米及以上。具体标准，由各地根据租赁市场发展情况确定，各地可对本地区全部或者部分城市在50%的幅度内下调标准。
举例来说，甲公司是一家住房租赁企业，成立于年12月，为按月纳税的增值税小规模纳税人，公司于年1月10日向当地住建部门进行开业报告。年2月，甲公司向个人出租住房取得不含税收入20万元。根据24号公告规定，甲公司向个人出租住房取得的20万元收入可享受增值税、房产税优惠，应纳增值税×1.5%=（元），减征增值税×（5%-1.5%）=（元）；应纳房产税为×4%=（元），减征房产税×（12%-4%）=（元）。
需要说明的是，除了上述直接针对住房租赁企业的优惠外，现行税收政策中还有一些普适性优惠政策，如“六税两费”减征优惠、小规模纳税人增值税优惠等，住房租赁企业如果符合规定条件也可以申请享受。
